新市鄉早期是一個重要的平埔西拉雅族新港社的居住地。明鄭時期成為近山地區(即現在之玉井、石子崎、山上、商庄、百瓜寮、石仔井、新庄等地)往來台南必經之地，搬運產物往台南府販賣，均經此地，常在樹下休息，因無處買食，鼓勵附近新港住民到此地零售食物以便商客，而後漸漸聚集成一條小街市，因此稱此地為「新市 」。 於荷蘭時期稱「新港社」，先民來台改為「新港庄」，日治時期又稱「新市庄」，戰後才稱「新市鄉」。
本鄉原為典型農業鄉，近年大企業紛紛沿台一省道設廠，工商業逐漸抬頭。1995年初爭取到台南科學園區來此設址，未來是南台灣最有潛力的新興科技城 。
